Les services de renseignements français estiment jusqu’à 300 le nombre de volontaires qui seraient arrivés dans le courant du mois d’octobre à Tombouctou et à Gao pour renforcer les rangs des djihadistes. Même si le Front Polisario se dit officiellement opposé à des contacts avec les groupes terroristes présents dans le Nord du Mali, il n’arrive toutefois pas à préserver ses jeunes des camps de réfugiés de Tindouf de l’idéologie salafiste. Beaucoup d’entre eux feraient partie des nouvelles recrues islamistes.
La propagande salafiste dans les camps de réfugiés en Algérie, remonte à la fin des années 1990. Elle était l’œuvre d’étudiants sahraouis en provenance d’universités algériennes et de l’Institut théologique saoudien de Nouakchott. Une branche radicale a fini par émerger des rangs du Polisario et, pour la première fois en décembre 2003, a tenté une opération terroriste. Celle-ci a avorté après que l’armée mauritanienne ait arrêté à Nouadhibou Baba Ould Mohamed Bakhili, un ancien soldat de l’APLS (Armée Populaire de Libération Sahraouie). Ce premier incident ouvrira la voie à plusieurs autres qui écarteront définitivement les doutes sur les connexions entre des hommes du front Polisario et les groupes terroristes dans le pays. Des sahraouis ayant reçu une formation militaire dans des camps du Polisario se sont retrouvés impliqués dans l’attaque en Algérie de la Brigade de gendarmerie d’El-Menia, en avril 2006, ainsi que dans une cellule d’AQMI en Mauritanie, démantelée en octobre 2008, dont le but était d’assassiner l’ambassadeur d’Israël, mais également en décembre 2009 au Niger lors de combats entre la katiba Tarek Ibn Ziad et l’armée nigérienne.
Des relations plus « financières » ont également été établies entre le Polisario et les djihadistes. De hauts cadres du mouvement indépendantiste ont été arrêtés pour trafics avec les islamistes. Même son soutien algérien a également et à de nombreuses reprises, mis en garde le Polisario contre l’influence des islamistes sur ses membres. Aujourd’hui, c’est l’appel à la guerre sainte au Mali, peut-être au moins autant que les 3800 dollars par personne promis par les groupes islamistes, qui les attirent.